So vznikom Slovenskej republiky súviseli aj pragmatické riešenia prozaických úloh, s ktorými sa bolo treba so cťou vysporiadať. Delil sa majetok federálneho zväzu a vytvárali sa nové organizačné štruktúry. Vznikol samostatný Slovenský zväz rýchlostnej kanoistiky a samostatný Slovenský zväz vodného slalomu a zjazdu. Samostatné zväzy prijali svoje stanovy a zároveň využili ich úvodné ustanovenia, ktoré umožňovali združovanie sa do vyšších organizačných celkov. Na riešenie spoločných úloh vyplývajúcich z reprezentácie a medzinárodných stykov sa oba zväzy združili do Slovenskej kanoistickej asociácie ako jediného partnera Medzinárodnej kanoistickej federácie (ICF) v Slovenskej republike. Súčasne sa oba zväzy pridružili do Konfederácie športových zväzov (vtedy Asociácie športových zväzov).
Stanovy SKA predpokladajú jednoduchú organizačnú štruktúru a racionálne, finančne nenáročné fungovanie. Asociácia má prezidenta voleného na štvorročné obdobie podľa cyklu Letných olympijských hier striedavo z radov jedného a druhého zväzu. Ak je predseda z jedného zväzu, tak prvý podpredseda a generálny sekretár zasa z druhého zväzu. Agendu si vybavuje každý zväz sám a spoločnú vybavuje generálny sekretár. Prax ukázala, že i keď ide o riešenie neobvyklé a na prvý pohľad aj komplikované – funguje. A naviac, začalo to fungovať v čase, keď sa novovytvorené samostatné zväzy učili za pochodu samostatne žiť.
Vodní slalomári a zjazdári sa úplne prirodzene vyčlenili zo spoločnej kanoistiky svojim zameraním na prekonávanie obtiažnych vodných terénov a najmä na prekonávanie umelých prekážok v tvare slalomových prekážok – bránok a iných dnes už nevídaných bodovacích miest. Samostatné súťaže však na Slovensku boli organizované až na konci 40-tych rokov. Ako najstaršie na Slovensku sú považované preteky Tatranského slalomu, ktoré začali organizovať vodáci z Liptovského Mikuláša pod vedením Ondreja Cibáka. Postupne sa však slalom začal rozširovať po celom Slovensku. Pribúdali oddiely v Žiline, Košiciach, Zvolene, Červenom Kláštore, Bratislave ale aj v Žarnovici, či Žiari nad Hronom. Zo začiatku sa jazdilo na drevených skladacích kajakoch a kanoe zakrytých plachtou. Až neskôr v 60-tych rokoch sa začali používať nové materiály – lamináty. Slovenskí slalomári sa presadzovali aj na medzinárodnom poli. Mali to však veľmi zložité najmä z dôvodu vysokej vyspelosti a rozšírenosti tohto odvetvia kanoistiky v Čechách. Napriek tomu na MS uspeli Cibákovci Ondrej a Vlado, Tibor Sýkora, Luděk Beneš, Marián Havlíček, Jano Stachera a neskôr Dušan Zaťko s Ľudom Tkáčom, Miro Hajdúčik s Milanom Kučerom, Ivan Cibák, Milan Gába, Jana Kubovčáková, Jaro Slúčik, Jozef Hajdučik, Juraj Ontko a ďalší. Veľkým „strojcom“ nasledujúcich úspechov bola prvá umelá slalomová trať v Liptovskom Mikuláši dobudovaná v roku 1978, ktorá vychovala veľa kvalitných pretekárov.
Skutočný prelom vo vodnom slalome na Slovensku však nastal až po rozdelení Československa na dva samostatné štáty. Vznikom samostatného zväzu vodného slalomu a zjazdu sa vytvoril priestor aj pre väčšie možnosti zúčastniť sa na vrcholných svetových podujatiach. Prvými medailistami na MS v talianskej Mezzane bolo v slalome družstvo 3xC2 a zjazdári Vladimír Vala s Jaroslavom Slučikom. To bol len začiatok, a odvtedy úspech našich pretekárov neustále stúpal. Vrcholom boli všetky štyri Olympiády, najmä tá posledná v Pekingu. Veď zisk kompletnej zbierky olympijských kovov postavil vodný slalom do čela slovenského športu. Jeho úspechy a svetové postavenie je dielom širokej vodáckej verejnosti, obetavých ľudí, organizátorov podujatí, kvalitných trénerov a najmä samotných športovcov. Medzi tých najlepších určite patria dnes už osobnosti slovenského športu, ktorí získali zlato na Olympijských hrách, Majstrovstvách sveta či Európy, ako sú Pavol a Peter Hochschornerovci, Michal Martikán, Elena Kaliská, Juraj Minčík, Jana Dukátová, Peter a Ladislav Škantárovci, Vladimír Vala a Jaroslav Slučik, Ján Šutek a Štefan Grega i mnoho ďalších. A v tejto súvislosti je treba spomenúť aj druhú slalomovú trať, ktorá vyrástla v Čunove a bola spustená do prevádzky koncom augusta 1996. Okrem veľmi kvalitných tréningových podmienok poskytuje areál aj možnosti na organizovanie vrcholných medzinárodných podujatí. A bratislavskí slalomári to využili do poslednej bodky. Veď za obdobie prevádzky slalomovej trate tu zorganizovali viacero kôl Svetového pohára, Majstrovstvá Európy, Majstrovstvá sveta juniorov, Majstrovstvá Európy juniorov. Tento rok sa v Bratislave budú konať Majstrovstvá Európy a v roku 2011 Majstrovstvá sveta, ktoré budú zároveň nominačnými pretekmi na Olympijské hry.